タグ 科学 が登録されている動画 ： 66075 件中 65985 - 66016 件目
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GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090613.html#p01 GenePaintは、ドイツのマックス・プランク研究所が公開しているマウスの発生過程における遺伝子発現の局在をin situ hybridization（ISH）により調べた組織切片画像のデータベースです。登録されている切片画像はズームイン可能で、遺伝子によっては各部位における発現状況がランク付けされています。また、ある部位で特に強く発現している遺伝子や特徴的なパターンで発現している遺伝子のなどの条件で検索結果の絞込みを行うことも可能です。
生命科学 学協会 カタログを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090612.html#p01 DBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生命科学 学協会 カタログがあります。ここでは、生命科学に関連した様々な学協会を検索し、簡単にそのカタログやホームページを閲覧することが出来ます。
統合ホームページへようこそ 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090530.html#p01 統合ホームページは文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。今回の番組では、統合ホームページを使いこなす上で知っておくと便利な特徴や小技などを初めての人でも分かるように紹介しています。
生命科学系データベースカタログを使い倒す 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090523.html#p01 生命科学系データベースカタログは、 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する「データベースのデータベース」です。データベースが数多く存在する昨今、データベースをうまく使いこなすことが研究の進展を左右するといっても過言ではありません。しかし実際の利用者からは「必要なデータベースが見つからない」「何のデータベースがあるのか分からない」という声をよく聞きます。生命科学系データベースカタログでは、国内外のデータベースを目的や対象、生物種、提供機関別に分類し、それらの説明が日本語で書かれているのが特徴です。また個々のデータベースについて利用者がコメントをつけることもできます。
ATTED-IIを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090522.html#p01 ATTED-IIは、シロイヌナズナの遺伝子発現データを用いて、その機能や共発現遺伝子などを調べることができるデータベースです。今回の統合TVでは、ATTED-IIの検索機能の一つであるGene Tableを使って興味のある遺伝子の、機能や細胞内局在予測部位を調べる方法を紹介しています
Reactomeを使い倒す～2・Reactomeへのマッピング～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090508.html#p01 Reactomeは、ヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイだけでなく、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。今回は、発現データなどの網羅的なデータから関連するパスウェイを抽出するSkyPainterというツールを紹介します。
Human Protein Atlasを使い倒す 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090501.html#p01 Human Protein Atlas(ヒューマンプロテインアトラスと読みます)は、スウェーデンの研究グループが提供しているヒトのタンパク質発現情報データベースです。さまざまなヒトの組織やガン細胞、細胞株におけるタンパク質の発現情報および局在を、特異的抗体を用いて得られた免疫組織化学染色写真をもとに調べることができます。2009年5月1日現在では6,103個の抗体および5,683,196枚の染色写真が閲覧可能です。また、蛍光抗体法による染色写真も充実しています。
【統合TV】ArrayExpressを使い倒す 2
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090417.html#p01 今回は、Atlas of Gene Expressionを使って、様々な実験条件における興味のある遺伝子の発現状況の高低を、グラフや色の濃淡で表示することにより、分かりやすく閲覧できる方法を紹介しています。例として、筋分化決定因子である"myogenic differentiation 1(myod)"の遺伝子発現状況を検索しました。
【統合TV】Reactomeを使い倒す〜1・基本編〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090424.html#p01 Reactomeは、ヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイだけでなく、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。今回は、Reactomeの基本的な使い方を紹介しています。
【統合TV】ArrayExpressを使い倒す 1
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090408.html#p01 ArrayExpressはEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回は、まずArrayExpressの検索インターフェースを使って、自分の興味のあるマイクロアレイ実験データセットにたどり着く方法およびその生データのダウンロード方法について説明しています。
【統合TV】GOLD -Genomes Online Databaseを使い倒す 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090403.html#p01 GOLDデータベースはゲノム塩基配列解読プロジェクトを集めたデータベースです。既に解読が終了したゲノムプロジェクトや、現在進行中のゲノムプロジェクトについて調べることができます。塩基配列や、発表された論文、解析を実施している機関などへのリンクがあります。
今日から使える！情報検索 lifesciencedb.jp
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090331.html#p01 2009年3月28日に日本農芸化学会2009年度大会（於：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡）にて行われましたランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」から、河野信 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員による「今日から使える！情報検索 lifesciencedb.jp」です。
データ共有が変える日本の生命科学
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090330.html#p01 2009年3月28日に日本農芸化学会2009年度大会（於：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡）にて行われましたランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」を三部作でお送りします。第一弾の今回は、川本祥子 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授による「データ共有が変える日本の生命科学」です。
【統合TV】ライフサイエンス辞書をローカルに使い倒す2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090314.html#p01 ライフサイエンス辞書(WebLSD)は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスです。文章などを書いていて、生命科学分野の専門用語にからっきし弱いパソコンのかな漢字変換システムにイライラを覚えたことのある方は多いのではないのでしょうか？前回紹介したLSDプロジェクトで制作されている各種辞書はオンラインでの提供だけではなく、自分のパソコンにダウンロード・インストールして使える辞書も提供されています。今回は、Windows XP/Vista 用かな漢字変換辞書を自分のパソコンに導入して、快適な生命科学用語変換ライフを送る方法について紹介します。
【統合TV】ライフサイエンス辞書を使い倒す2009～その他のサービス編～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090306.html#p01 ライフサイエンス辞書は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスです。今回紹介するサービスはオンデマンド英語教材とオンライン変換サービスの2つです。オンデマンド英語教材は生命科学(ライフサイエンス)関連の英文記事を、日本語の注釈つきで学習できるツールです。毎週記事の追加更新が行われています。大学院の入試など、生命科学系の英文をお探しの方にお勧めです。またオンライン変換サービスでは英文を入力するだけで、web上で専門用語の英和単語帳を作成したり、自作の英文のスペルチェックをすることも出来ます。
【統合TV】PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090228.html#p01 今回紹介するxPSSS（XML-based Protein Structure Search Service）はXMLに基づいたタンパク質構造検索サービスです。xPSSSでは様々な条件で検索することができますが、最も単純な検索はPDB IDまたはキーワードによる検索で、PDBjのトップページから直接検索することができます。
【統合TV】ライフサイエンス辞書を使い倒す2009〜オンライン辞書編〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090227.html#p01 今回紹介するWebLSDオンライン辞書は、英和・和英検索が2009年1月1日に改訂され、英語9.3万語，日本語10.5万語に拡張されています。また共起検索およびシソーラスも充実しています。これらの辞書は、学術論文の計量的な解析を行って作成した独自のデータに基づいており，その解析材料としてはPubMedで公開されている膨大な文献抄録の他，協力を得られた出版社，学会などから提供されたテキスト情報を用いられているのが最大の特徴です。
【統合TV】NCBI GEOの使い方4 データセットブラウザをさらに使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090307.html#p01 NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ)のデータベースです。今回はGEOの使い方第4弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットを解析するツールの使い方をさらに詳しく紹介しています
生命科学横断検索の利用法
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090219.html#p01本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、統合データベースセンターの川本祥子 特任准教授による「生命科学横断検索の利用法」をお送りします。データベース検索の基本的な仕組みの説明に始まり、様々な検索エンジンの紹介 [想-IMAGINE Book Search、clustermed、iHOP、SAGOOL、SPYSEE]（13分～）、よりよい検索のための工夫（20分～）、文章の構造化について（24分～）、ソーシャルブックマーク（31分～）、横断検索（35分～）が紹介されています。
【統合TV】遺伝子発現データの活用事例
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090217.html#p01 本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、統合TVのプロデューサー 小野浩雅による「遺伝子発現データの活用事例」をお送りします
【統合TV】NCBI GEOの使い方２ 遺伝子プロファイルを検索する
高画質版はこちらです。http://togotv.dbcls.jp/20090213.html#p01NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回はGEOの使い方第２弾として興味のある遺伝子のプロファイルを検索する方法、およびその実験データの正規化されたファイルの取得方法を紹介しています。
【統合TV】Ensembl Tips ～塩基配列のアラインメントを作成する～ 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090220.html#p01 Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
【統合TV】Ensembl tips 〜配列を取得する〜2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090206.html#p01Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
【統合TV】統合データベースプロジェクトとは？
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090203.html#p01本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 特任准教授による「統合データベースプロジェクトとは？」をお送りします。
Webブラウザを生命科学向けにカスタマイズする2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090131.html#p01 何か検索したい時にWebブラウザの検索バーを使う人が多いのではないでしょうか？今回はIE7とFirefoxを例にして、この検索バーを少しカスタマイズするだけで、生命科学向けの検索がグッと簡単になる方法について説明します。（注・IE6およびFirefox 1.x系ではこのカスタマイズはできませんのでご注意ください。）
Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090129.html#p01 Ensembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを眺めることができますある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。ここでは、ゲノムブラウザの使い方の一つ（ゲノムブラウザは色々な使い方ができます！）を、Googleマップと対比させて説明しています。
生物アイコンを使い倒す2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090130.html#p01DBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生物アイコンがあります。ここでは、生命科学の分野でしばしば登場する生物の画像とその詳細情報が分類ごとに整理されています。ここに載っている生物の画像はクリエイティブ・コモンズ・ライセンスのもとで自由に使用することが可能です。今後も新しいアイコンが随時アップされていく予定です。
EMBOSS fuzznucを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081206.html#p01今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、fuzznucについて紹介しています。fuzznucを使うと、塩基配列、そしてその相補配列(complement)の中から、配列のパターンを検索することが出来ます。今回はサンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のmRNA配列から、配列パターン"ATGC"を検索する場合を例に説明しています。
EMBOSS backtranseqを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081130.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、backtranseqについて紹介しています。backtranseqを使うと、アミノ酸配列から塩基配列を求めることができます。今回は、サンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のアミノ酸配列を例に説明しています。
EMBOSS revseqを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081129.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、revseqについて紹介しています。revseqを使うと、塩基配列を逆相補配列(reverse complement)、逆配列(reverse)、相補配列(complement)に変換することが出来ます。今回はサンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のmRNA配列を例に説明しています。
Kazusa Annotation Suiteの活用
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081117.html#p01 本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 植物ゲノム情報研究室 中村保一 室長による「Kazusa Annotation Suiteの活用」をお送りします。
ライフサイエンス用語の意味推定
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081105.html#p01 本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、金沢大学大学院自然科学研究科 佐藤賢二 准教授による「ライフサイエンス用語の意味推定」をお送りします。Medlineの文章を解析して単語の意味を自動的に分類した結果の紹介や、それの応用として単語の意味を自動的に推定するシステムの紹介をしていただいています。動画中で紹介されているプロトタイプシステムは現在開発中のため、近々提供終了とのことですのでご留意ください。