タグ 統合TV が登録されている動画 ： 9 件中 1 - 9 件目
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EMBOSS geeceeを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090725.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、geeceeについて紹介しています。geeceeを使うと、入力した塩基配列のＧＣ含量を計算することができます。今回はサンプル配列としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列のＧＣ含量を計算する場合を例に説明しています
Allen Brain Atlasを使い倒す～応用編～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090719.html#p01 The Allen Mouse Brain Atlasとは米国シアトルのAllen脳科学研究所が提供する、マウス脳を網羅する21000個以上の遺伝子発現を詳細に示した三次元マップを構築するためのデータベースです。マウス脳を数十万個の切片にし、in situ hybridizationを行い、すべての遺伝子の発現パターンを細胞レベルまで示しています。今回は三次元マップを構築する方法と、一度に複数のデータを見る方法を紹介します。
Allen Brain Atlasを使い倒す ～基本編～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090718.html#p01 The Allen Mouse Brain Atlasとは米国シアトルのAllen脳科学研究所が提供する、マウス脳を網羅する21000個以上の遺伝子発現を詳細に示した三次元マップを構築するためのデータベースです。マウス脳を数十万個の切片にし、in situ hybridizationを行い、すべての遺伝子の発現パターンを細胞レベルまで示しています。
GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090613.html#p01 GenePaintは、ドイツのマックス・プランク研究所が公開しているマウスの発生過程における遺伝子発現の局在をin situ hybridization（ISH）により調べた組織切片画像のデータベースです。登録されている切片画像はズームイン可能で、遺伝子によっては各部位における発現状況がランク付けされています。また、ある部位で特に強く発現している遺伝子や特徴的なパターンで発現している遺伝子のなどの条件で検索結果の絞込みを行うことも可能です。
UCSC VisiGeneの使い方
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100416.html#p01 UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。UCSC Genome Browserのコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツール BLATや遺伝子間の関連性を探索するGene Sorterなどがありますが、今回はin situハイブリダイゼーション (ISH)の画像データを検索・閲覧できるVisiGeneについて紹介します。UCSC VisiGeneを使うことで、生体内におけるmRNAの局在を画像で閲覧することができ、またそれに関する論文などの詳細情報も得ることができます。
「情報整理術2010」〜文献とデータを賢く管理する〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100401.html#p01 本日は2010年3月29日に行われた日本農芸化学会 2010年度大会 ランチョンセミナー「情報整理術2010 〜文献とデータを賢く管理する〜」からライフサイエンス統合データベースセンター 川本 祥子 特任准教授による統合データベースプロジェクトの紹介をお送りします。情報爆発時代に突入して明らかになってきた生命科学系データベースの問題点や、それらの解決に向けた統合データベースプロジェクトの取り組みが紹介されています。
Ensembl Tips 〜Ensembl Archivesを使い倒す〜 2010
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100331.html#p01 Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。今回は、Ensemblの古いバージョン(Ensembl Archives)を閲覧する方法について紹介しています。Ensembl のバージョンとゲノム配列のバージョンの違いは混同しやすいですが、ゲノム配列を使ったデータベースやアノテーションはどのバージョンのゲノム配列に対応しているかが非常に重要です。
遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す 2010
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100326.html#p01 NCBI GEO(Gene Expression Omnibus)は、遺伝子発現バンクとして、主にマイクロアレイデータの受け皿となっています。様々な種類の遺伝子発現データを受け入れるため、そのデータ単位がデータセット（研究・目的ごとにまとめられた発現データの集合 (発現データマトリクス)）、サンプル（測定に附された生体試料）、プラットフォーム（発現定量のための測定プロトコル）の3種類あることや、実験手法の多様さによって全体のデータの傾向を掴みづらいのも事実です。そこで、この NCBI GEO を快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組み「遺伝子発現バンク(GEO)目次」、通称「GEO目次」が国立遺伝学研究所の大久保公策教授らによって開発され、現在DBCLSによって維持されています。
PubMedの使い方〜発展編〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100303.html#p01 PubMedは医学・看護学・歯学・獣医学・ヘルスケア・臨床科学の分野における、雑誌・引用・要約などを数百万件に渡り検索できるデータベースです。従来の MEDLINE と基本的には同じデータベースです。PubMedは米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理しており、1997年よりインターネットでの無料公開が始まりました。また、PubMedは関連するWebサイトや他のNCBI分子生物学リソースへのリンクへのアクセスを提供しています。今回の統合TVでは、PubMedを使った文献検索の発展編として、Single Citation Matcher、Clinical Queries、MeSH DatabaseおよびJournals Databaseといったある検索条件に特化した絞り込み検索の方法についてご紹介します。