Kerorinさんがすんばらしいモデルを公開されたので、とりあえず作ってみたエンコードはx286vfwをインストールしてMMDから直接H264、AVI形式で出力、これをAVI->MP4変換かけています。MMD出力が実時間の半分(Corei5 2500K)と速く、容量削減にもなるのでお勧めです
http://www.nicovideo.jp/watch/sm16394459