On2VP6でのエンコ方法がさっぱりなんですが、Mencoderで指定したものとぜんぜんちがってよくわからないですね。元ソースの動画が上下逆さになってるのは仕様なのでしょうか?>上下逆コンマイ仕様把握です。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm1934718