いつもの時報の人がお悩みのようなので支援うp。参考サイト http://nicowiki.com/swftomovie.html 何種類か試したけどAviUtlのswf入力プラグイン使う方法が(フリーだと)一番うまくいきました。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm2269479