ShadowPlayで1080pで録画(1200pだとYMM3で読み込んだ際プレビュー画面が強制的に縮小表示される)↓VFR方式で録画された1080pのmp4をhandbrakeでCFR方式に変換↓キーフレームが失われているためYMM3上でシークできないので、AVIUTLでUt Video Codec Suiteを指定しavi出力↓YMM3でシークできる動画が出来たよ!
http://www.nicovideo.jp/watch/sm27524300