WiiUのバーチャルコンソール版で発生した不具合です。詳しい原因は不明です。…が、ユニットの動かし方が同じであれば同様の事象が毎回発生していたことから、戦闘処理に行う乱数が関係していると思われます。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm28805322