ZAC2046年、共和国軍ゲリラ部隊の特殊工作員であるダスティン大尉とシャーリー大尉は自ゾイドが大破されつつも、任務を果たし終えて帰還の策を練っているところであった。そこで発見した緑色のホーンを奪取しようと試みるのだが、、
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