水と氷の分子動力学シミュレーション（MDシミュレーション）の動画です。１フレーム２フェムト秒、３０ｆｐｓですので、１秒で６０フェムト秒、３０秒で１．８ピコ秒の時間になります。[追記]思ったより多くの人に見てもらえて光栄です。あと可視化はＶＭＤを使ってます。　自作シミュレーション動画→mylist/8344044

1:24｜2008年09月07日 22：05：34 投稿

http://www.nicovideo.jp/watch/sm4553644

水と油が分離する様子を計算した分子動力学シミュレーション（MDシミュレーション）の動画です。周期境界条件を使っているので、箱の右から出た分子は左から、上から出たら下から入ってくるようになっています。　自作シミュレーション動画→mylist/8344044　詳細な計算条件などはブログ（http://blog.goo.ne.jp/zero_app/）に書いておきます。

2:53｜2008年09月13日 01：55：37 投稿

http://www.nicovideo.jp/watch/sm4604276

１５員環のクラウンエーテルがナトリウムイオンを取り込む様子を計算した分子動力学シミュレーション（MDシミュレーション）の動画です。エンコード方法を改善したので、これまでの動画よりも見やすくなっていると思います。自作シミュレーション動画→mylist/8344044。ブログ（http://blog.goo.ne.jp/zero_app/）。

5:35｜2008年09月18日 19：03：54 投稿

http://www.nicovideo.jp/watch/sm4664338

下村脩博士がノーベル化学賞を受賞された主な功績であるＧＦＰについて解説してみました。私自身はＧＦＰに関してはほとんど知識が無く、あれこれ資料を短時間で調べて動画作成をしましたので、間違っている点が混ざっている可能性があります。もしお気づきの点がありましたらコメントをお願いします。自作シミュレーション動画→mylist/8344044。ブログ→http://blog.goo.ne.jp/zero_app/。

1:21｜2008年10月09日 02：36：48 投稿

http://www.nicovideo.jp/watch/sm4872191

ひさびさに動画を作成したのでアップロード。今回はＢＧＭをつけてみました（sm6691139を使わせていただきました）。エンコがなかなかキレイにできなくて試行錯誤中です。自作シミュレーション動画→mylist/8344044。

2:31｜2009年05月06日 18：14：39 投稿

http://www.nicovideo.jp/watch/sm6967435

液体の水から水分子が蒸発して気体になる様子をシミュレーションしました。ブログ　http://d.hatena.ne.jp/masa_cbl/ 自作シミュレーション動画→mylist/8344044。BGMはニコニコモンズから使わせていただきました。

2:57｜2012年08月06日 01：03：30 投稿

http://www.nicovideo.jp/watch/sm18540824

ヘリウム原子内包フラーレンとドデカヘドランのヘリウム原子の動きをＭＤシミュレーションで見てみました。ヘリウム内包ドデカヘドランについては有機化学美術館（http://blog.livedoor.jp/route408/archives/52063943.html）を読んでみてください。ブログ　http://d.hatena.ne.jp/masa_cbl/ 自作シミュレーション動画→mylist/8344044BGMはニコニコモンズから使わせていただきました。

2:29｜2012年11月23日 14：47：46 投稿

http://www.nicovideo.jp/watch/sm19417647

高温高圧条件での水の超臨界状態をシミュレートしたMD動画です。（温度400℃、密度0.3g/cm^3）解説はブログ記事にて http://d.hatena.ne.jp/masa_cbl/20130224/1361706735 自作シミュレーション動画→mylist/8344044BGMはニコニコモンズから使わせていただきました。

0:39｜2013年02月24日 20：26：11 投稿

http://www.nicovideo.jp/watch/sm20176533