キーワード #P が含まれる動画 ： 1448 件中 1 - 32 件目
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遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す 2010
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100326.html#p01 NCBI GEO(Gene Expression Omnibus)は、遺伝子発現バンクとして、主にマイクロアレイデータの受け皿となっています。様々な種類の遺伝子発現データを受け入れるため、そのデータ単位がデータセット（研究・目的ごとにまとめられた発現データの集合 (発現データマトリクス)）、サンプル（測定に附された生体試料）、プラットフォーム（発現定量のための測定プロトコル）の3種類あることや、実験手法の多様さによって全体のデータの傾向を掴みづらいのも事実です。そこで、この NCBI GEO を快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組み「遺伝子発現バンク(GEO)目次」、通称「GEO目次」が国立遺伝学研究所の大久保公策教授らによって開発され、現在DBCLSによって維持されています。
BioMartを使い倒す 比較ゲノミクス編
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100329.html#p01 BioMartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。これを使うといろいろなことができますが、今回は二つの生物種の対応するデータを取得する方法を解説します。
Ensembl Tips 〜Ensembl Archivesを使い倒す〜 2010
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100331.html#p01 Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。今回は、Ensemblの古いバージョン(Ensembl Archives)を閲覧する方法について紹介しています。Ensembl のバージョンとゲノム配列のバージョンの違いは混同しやすいですが、ゲノム配列を使ったデータベースやアノテーションはどのバージョンのゲノム配列に対応しているかが非常に重要です。
岡田克也 外務大臣記者会見@外務省 生放送②【コメ付】
3月23日（火）17時10分から行われた生中継映像です。
会見の議事録http://www.mofa.go.jp/mofaj/press/kaiken/gaisho/g_1003.html#7
高画質本編：外務省動画http://www.youtube.com/user/mofachannel#p/u/3/B6Z5HIVQAss
①→sm10313489 ③→sm10314393
日本語バイオポータルサイトJabionを使い倒す 〜文献検索編〜 2010
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100430.html#p01 Jabionはバイオポータルサイトというだけあって、様々なコンテンツがありますが、今回はまず「PubMed日本語検索（文献検索）」の機能を紹介します。 Jabionの文献検索では、日本語キーワードを入力するだけで該当する英語の専門用語に変換したのちにPubMed検索を行うことができます。変換候補が複数ある場合には任意のものを検索対象とすることも可能です。また、検索結果は出版年順だけでなく、ジャーナルごとの被引用率などを用いて著名な文献が優先的にヒットする仕組みを採用しているのが特徴です。
CLC Sequence Viewerを使い倒す〜制限酵素切断地図の作成〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100510.html#p01 CLC Sequence ViewerはCLC Bio社が提供するフリーの統合解析環境で、マルチプルアラインメントの作成・編集、系統樹描写、様々なフォーマットに応じた出力機能など多機能を備えています。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットフォームで動作します。今回はCLC Sequence Viewerの制限酵素切断部位検索機能を用いてヒトFerrochelataseの制限酵素切断地図を作成し、画像として外部出力する方法を紹介します。
Ensembl Tips ～Array Express の遺伝子発現情報を表示する～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100513.html#p01 Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。今回はEBI(European Bioinformatics Institute) が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースである、ArrayExpressのデータを Ensemblに表示する方法を紹介します。ArrayExpressのより詳しい使い方はArrayExpress を使い倒す 1 とArrayExpress を使い倒す 2をご覧ください。
Website for Alternative Splicing Predictionの使い方
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100519.html#p01 Website for Alternative Splicing Prediction は、DNA塩基配列上の"Splicing Code"という独自の判定基準と組織から得られた転写産物の情報を用いて、新規のエキソンやそれらを含む組織特異的なsplicingを予測するツールです。今回は、既に行われた予測結果を参照する方法と入力した塩基配列に対して新規に予測する方法について例を交えながら紹介します。
科学技術コモンズの構築に向けて
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100520.html#p01 本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会 第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム 「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、東京大学 岩田修一教授による開会挨拶「科学技術コモンズの構築に向けて」をお送りします。
科学技術コモンズと情報知識学への期待
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100521.html#p01 本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会 第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム 「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、国立国会図書館 長尾真館長による基調講演「科学技術コモンズと情報知識学への期待」をお送りします。
コモンズに関わる法的課題
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100526.html#p01 本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会 第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム 「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、クリエイティブ・コモンズ・ジャパン 野口祐子氏による特別講演「コモンズに関わる法的課題」をお送りします。
オープンで知のめぐりの良い創薬研究を目指して～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100514.html#p01 本日の統合TVは 2010年5月12日に明治薬科大学で開催された統合データベース講演会から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 による「統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い創薬研究を目指して」をお送りします。文部科学省による統合データベースプロジェクトの中核機関としてライフサイエンス統合データベースセンターが取り組んでいるライフサイエンス分野のデータベースを効率よく利用するためのインフラ整備の意義や提供するサービスについて紹介するとともに、ライフサイエンス分野の現状とその問題点、DBCLSが提案する解決案について最新の知見にもとづいて説明しています。
オンライン人体地図サービス「アナトモグラフィー」を使い倒す 2008秋
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20080927.html#p01 アナトモグラフィーは統合ホームページで提供されているツールの一つで、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することができます。人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報"どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。昨年および前回と紹介してきた同ツールですが、いまなお現在進行形でその改良が進められており、内容の充実とともに使いやすさも日々向上しています。今回はトップページの変更に伴い、新たに追加された内容を中心に使い方の説明をしています。
DBCLSへの行き方～千代田線・根津駅編～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20080925.html#p01 本日の統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンターへの行き方がよくわからない、という声にお答えして、センターまでの道順を動画にしてみました。センターへはいくつかの駅が利用できますが、今回は最寄り駅である東京メトロ 千代田線 根津駅からのルートを紹介します。根津駅の1番出口（9号車付近、綾瀬・北千住方面行きは前側、大手町・日比谷・代々木上原方面は後ろ側が便利です。）からのルートです。2番出口から出てしまっても、オレンジ色の牛丼屋さんを目指して歩けば1番出口に行けます。ちなみに、東京駅からは二重橋前駅で乗り換えると便利らしいです。
遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081004.html#p01 BioGPSはAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いたヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベースです。このデータベースは昨年の番組でも紹介したGNF SymAtlasのメジャーアップデート版です。今回から新たにマウスのMOE430アレイなどのデータが追加され、検索できる遺伝子の数や対象となる組織や細胞(株)の種類が拡充されています。また、マウスのエキソンアレイのデータも参照することが可能で、遺伝子のスプライシングバリアント(Splicing variant)の発現状況も調べることができます。さらに、検索した遺伝子に対して、種々の外部のデータベースに横断検索した結果を表示することができます。
ライフサイエンス用語の意味推定
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081105.html#p01 本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、金沢大学大学院自然科学研究科 佐藤賢二 准教授による「ライフサイエンス用語の意味推定」をお送りします。Medlineの文章を解析して単語の意味を自動的に分類した結果の紹介や、それの応用として単語の意味を自動的に推定するシステムの紹介をしていただいています。動画中で紹介されているプロトタイプシステムは現在開発中のため、近々提供終了とのことですのでご留意ください。
Kazusa Annotation Suiteの活用
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081117.html#p01 本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 植物ゲノム情報研究室 中村保一 室長による「Kazusa Annotation Suiteの活用」をお送りします。
EMBOSS revseqを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081129.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、revseqについて紹介しています。revseqを使うと、塩基配列を逆相補配列(reverse complement)、逆配列(reverse)、相補配列(complement)に変換することが出来ます。今回はサンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のmRNA配列を例に説明しています。
EMBOSS backtranseqを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081130.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、backtranseqについて紹介しています。backtranseqを使うと、アミノ酸配列から塩基配列を求めることができます。今回は、サンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のアミノ酸配列を例に説明しています。
EMBOSS fuzznucを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081206.html#p01今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、fuzznucについて紹介しています。fuzznucを使うと、塩基配列、そしてその相補配列(complement)の中から、配列のパターンを検索することが出来ます。今回はサンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のmRNA配列から、配列パターン"ATGC"を検索する場合を例に説明しています。
生物アイコンを使い倒す2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090130.html#p01DBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生物アイコンがあります。ここでは、生命科学の分野でしばしば登場する生物の画像とその詳細情報が分類ごとに整理されています。ここに載っている生物の画像はクリエイティブ・コモンズ・ライセンスのもとで自由に使用することが可能です。今後も新しいアイコンが随時アップされていく予定です。
Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090129.html#p01 Ensembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを眺めることができますある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。ここでは、ゲノムブラウザの使い方の一つ（ゲノムブラウザは色々な使い方ができます！）を、Googleマップと対比させて説明しています。
Webブラウザを生命科学向けにカスタマイズする2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090131.html#p01 何か検索したい時にWebブラウザの検索バーを使う人が多いのではないでしょうか？今回はIE7とFirefoxを例にして、この検索バーを少しカスタマイズするだけで、生命科学向けの検索がグッと簡単になる方法について説明します。（注・IE6およびFirefox 1.x系ではこのカスタマイズはできませんのでご注意ください。）
【統合TV】統合データベースプロジェクトとは？
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090203.html#p01本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 特任准教授による「統合データベースプロジェクトとは？」をお送りします。
【統合TV】Ensembl tips 〜配列を取得する〜2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090206.html#p01Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
【統合TV】Ensembl Tips ～塩基配列のアラインメントを作成する～ 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090220.html#p01 Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
【統合TV】NCBI GEOの使い方２ 遺伝子プロファイルを検索する
高画質版はこちらです。http://togotv.dbcls.jp/20090213.html#p01NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回はGEOの使い方第２弾として興味のある遺伝子のプロファイルを検索する方法、およびその実験データの正規化されたファイルの取得方法を紹介しています。
【統合TV】遺伝子発現データの活用事例
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090217.html#p01 本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、統合TVのプロデューサー 小野浩雅による「遺伝子発現データの活用事例」をお送りします
生命科学横断検索の利用法
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090219.html#p01本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、統合データベースセンターの川本祥子 特任准教授による「生命科学横断検索の利用法」をお送りします。データベース検索の基本的な仕組みの説明に始まり、様々な検索エンジンの紹介 [想-IMAGINE Book Search、clustermed、iHOP、SAGOOL、SPYSEE]（13分～）、よりよい検索のための工夫（20分～）、文章の構造化について（24分～）、ソーシャルブックマーク（31分～）、横断検索（35分～）が紹介されています。
【統合TV】NCBI GEOの使い方4 データセットブラウザをさらに使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090307.html#p01 NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ)のデータベースです。今回はGEOの使い方第4弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットを解析するツールの使い方をさらに詳しく紹介しています
【統合TV】ライフサイエンス辞書を使い倒す2009〜オンライン辞書編〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090227.html#p01 今回紹介するWebLSDオンライン辞書は、英和・和英検索が2009年1月1日に改訂され、英語9.3万語，日本語10.5万語に拡張されています。また共起検索およびシソーラスも充実しています。これらの辞書は、学術論文の計量的な解析を行って作成した独自のデータに基づいており，その解析材料としてはPubMedで公開されている膨大な文献抄録の他，協力を得られた出版社，学会などから提供されたテキスト情報を用いられているのが最大の特徴です。
【統合TV】PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090228.html#p01 今回紹介するxPSSS（XML-based Protein Structure Search Service）はXMLに基づいたタンパク質構造検索サービスです。xPSSSでは様々な条件で検索することができますが、最も単純な検索はPDB IDまたはキーワードによる検索で、PDBjのトップページから直接検索することができます。