キーワード HTML が含まれる動画 ： 472392 件中 641 - 672 件目
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統合ホームページへようこそ
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20080905.html#p01 統合ホームページは文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。今回の番組では、統合ホームページを使いこなす上で知っておくと便利な特徴や小技などを初めての人でも分かるように紹介しています。
オンライン人体地図サービス「アナトモグラフィー」を使い倒す 2008秋
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20080927.html#p01 アナトモグラフィーは統合ホームページで提供されているツールの一つで、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することができます。人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報"どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。昨年および前回と紹介してきた同ツールですが、いまなお現在進行形でその改良が進められており、内容の充実とともに使いやすさも日々向上しています。今回はトップページの変更に伴い、新たに追加された内容を中心に使い方の説明をしています。
DBCLSへの行き方～千代田線・根津駅編～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20080925.html#p01 本日の統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンターへの行き方がよくわからない、という声にお答えして、センターまでの道順を動画にしてみました。センターへはいくつかの駅が利用できますが、今回は最寄り駅である東京メトロ 千代田線 根津駅からのルートを紹介します。根津駅の1番出口（9号車付近、綾瀬・北千住方面行きは前側、大手町・日比谷・代々木上原方面は後ろ側が便利です。）からのルートです。2番出口から出てしまっても、オレンジ色の牛丼屋さんを目指して歩けば1番出口に行けます。ちなみに、東京駅からは二重橋前駅で乗り換えると便利らしいです。
遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081004.html#p01 BioGPSはAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いたヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベースです。このデータベースは昨年の番組でも紹介したGNF SymAtlasのメジャーアップデート版です。今回から新たにマウスのMOE430アレイなどのデータが追加され、検索できる遺伝子の数や対象となる組織や細胞(株)の種類が拡充されています。また、マウスのエキソンアレイのデータも参照することが可能で、遺伝子のスプライシングバリアント(Splicing variant)の発現状況も調べることができます。さらに、検索した遺伝子に対して、種々の外部のデータベースに横断検索した結果を表示することができます。
ライフサイエンス用語の意味推定
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081105.html#p01 本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、金沢大学大学院自然科学研究科 佐藤賢二 准教授による「ライフサイエンス用語の意味推定」をお送りします。Medlineの文章を解析して単語の意味を自動的に分類した結果の紹介や、それの応用として単語の意味を自動的に推定するシステムの紹介をしていただいています。動画中で紹介されているプロトタイプシステムは現在開発中のため、近々提供終了とのことですのでご留意ください。
Spotfireを用いた公共マイクロアレイデータとローカルなデータの統合
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081108.html#p01 今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。概要としては、公共マイクロアレイデータベースから取得したマイクロアレイデータに自分の実験のデータを追加した上で、それらのデータを正規化(Normalize)し、階層的クラスタリング(Hierarchical clustering)を行う、という流れです。今回例として用いたデータは、GNF symatlasのデータと、ヒトの脂肪細胞分化のマイクロアレイデータ(GSE1657)を一部改変したサンプルデータを用いています。
Kazusa Annotation Suiteの活用
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081117.html#p01 本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 植物ゲノム情報研究室 中村保一 室長による「Kazusa Annotation Suiteの活用」をお送りします。
MGIの使い方１ ノックアウトマウス情報の有無を調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081128.html#p01 MGI（Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と普通に発音します）は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory（ジャクソン研究所）が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。ここではヒトの脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIで閲覧することのできる主な情報と、特にノックアウトマウスの表現型を検索する方法を紹介します。
MGIの使い方２ 発現情報を調べる
高画質版はこちらhttp://togotv.dbcls.jp/20081205.html#p01MGI（Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と普通に発音します）は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory（ジャクソン研究所）が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。ここではヒトの脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIに登録されているさまざまな実験条件で得られた発現情報を閲覧する方法を紹介します。
EMBOSS revseqを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081129.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、revseqについて紹介しています。revseqを使うと、塩基配列を逆相補配列(reverse complement)、逆配列(reverse)、相補配列(complement)に変換することが出来ます。今回はサンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のmRNA配列を例に説明しています。
EMBOSS backtranseqを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081130.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、backtranseqについて紹介しています。backtranseqを使うと、アミノ酸配列から塩基配列を求めることができます。今回は、サンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のアミノ酸配列を例に説明しています。
EMBOSS fuzznucを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20081206.html#p01今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、fuzznucについて紹介しています。fuzznucを使うと、塩基配列、そしてその相補配列(complement)の中から、配列のパターンを検索することが出来ます。今回はサンプル配列としてiPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のmRNA配列から、配列パターン"ATGC"を検索する場合を例に説明しています。
生物アイコンを使い倒す2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090130.html#p01DBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生物アイコンがあります。ここでは、生命科学の分野でしばしば登場する生物の画像とその詳細情報が分類ごとに整理されています。ここに載っている生物の画像はクリエイティブ・コモンズ・ライセンスのもとで自由に使用することが可能です。今後も新しいアイコンが随時アップされていく予定です。
Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090129.html#p01 Ensembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを眺めることができますある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。ここでは、ゲノムブラウザの使い方の一つ（ゲノムブラウザは色々な使い方ができます！）を、Googleマップと対比させて説明しています。
Webブラウザを生命科学向けにカスタマイズする2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090131.html#p01 何か検索したい時にWebブラウザの検索バーを使う人が多いのではないでしょうか？今回はIE7とFirefoxを例にして、この検索バーを少しカスタマイズするだけで、生命科学向けの検索がグッと簡単になる方法について説明します。（注・IE6およびFirefox 1.x系ではこのカスタマイズはできませんのでご注意ください。）
【統合TV】統合データベースプロジェクトとは？
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090203.html#p01本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 特任准教授による「統合データベースプロジェクトとは？」をお送りします。
【統合TV】Ensembl tips 〜配列を取得する〜2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090206.html#p01Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
NCBI Taxonomy Browserを使って、生物分類と配列情報を関連させて調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090226.html#p01 Taxonomy Browserは生物分類に基づいて整理されたデータベースのブラウザです。様々な生物種の系統（lineage）が階層的に表示され、各々の階層における類縁の生物を調べることができます。また、それぞれの生物種におけるEntrez中の配列や論文などの情報を簡単に得ることができます。今回は、A型インフルエンザウイルス"H1N2"について検索してみました。
【統合TV】Ensembl Tips ～塩基配列のアラインメントを作成する～ 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090220.html#p01 Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
【統合TV】NCBI GEOの使い方２ 遺伝子プロファイルを検索する
高画質版はこちらです。http://togotv.dbcls.jp/20090213.html#p01NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回はGEOの使い方第２弾として興味のある遺伝子のプロファイルを検索する方法、およびその実験データの正規化されたファイルの取得方法を紹介しています。
【統合TV】遺伝子発現データの活用事例
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090217.html#p01 本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、統合TVのプロデューサー 小野浩雅による「遺伝子発現データの活用事例」をお送りします
NCBI GEOの使い方３ データセットブラウザを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090221.html#p01 NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ)のデータベースです。今回はGEOの使い方第3弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットにおける様々な遺伝子発現を詳細に調べる方法を紹介しています。
NCBI Taxonomy Browserを使って、生物分類と配列情報を関連させて調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090226.html#p01 Taxonomy Browserは生物分類に基づいて整理されたデータベースのブラウザです。様々な生物種の系統（lineage）が階層的に表示され、各々の階層における類縁の生物を調べることができます。また、それぞれの生物種におけるEntrez中の配列や論文などの情報を簡単に得ることができます。今回は、A型インフルエンザウイルス"H1N2"について検索してみました。
【統合TV】NCBI GEOの使い方4 データセットブラウザをさらに使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090307.html#p01 NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ)のデータベースです。今回はGEOの使い方第4弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットを解析するツールの使い方をさらに詳しく紹介しています
【統合TV】ライフサイエンス辞書を使い倒す2009〜オンライン辞書編〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090227.html#p01 今回紹介するWebLSDオンライン辞書は、英和・和英検索が2009年1月1日に改訂され、英語9.3万語，日本語10.5万語に拡張されています。また共起検索およびシソーラスも充実しています。これらの辞書は、学術論文の計量的な解析を行って作成した独自のデータに基づいており，その解析材料としてはPubMedで公開されている膨大な文献抄録の他，協力を得られた出版社，学会などから提供されたテキスト情報を用いられているのが最大の特徴です。
【統合TV】PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090228.html#p01 今回紹介するxPSSS（XML-based Protein Structure Search Service）はXMLに基づいたタンパク質構造検索サービスです。xPSSSでは様々な条件で検索することができますが、最も単純な検索はPDB IDまたはキーワードによる検索で、PDBjのトップページから直接検索することができます。
【統合TV】ライフサイエンス辞書を使い倒す2009～その他のサービス編～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090306.html#p01 ライフサイエンス辞書は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスです。今回紹介するサービスはオンデマンド英語教材とオンライン変換サービスの2つです。オンデマンド英語教材は生命科学(ライフサイエンス)関連の英文記事を、日本語の注釈つきで学習できるツールです。毎週記事の追加更新が行われています。大学院の入試など、生命科学系の英文をお探しの方にお勧めです。またオンライン変換サービスでは英文を入力するだけで、web上で専門用語の英和単語帳を作成したり、自作の英文のスペルチェックをすることも出来ます。
【統合TV】植物ESTボディーマップを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090328.html#p01 今回の統合TVでは、植物に対する相同性検索について紹介しています。例として、ヒトの遺伝性乳がんに関与しているといわれている遺伝子"BRCA2"のアミノ酸配列をクエリとして相同な遺伝子を持つ植物を検索し、さらにその詳細を見ています。
【統合TV】ライフサイエンス辞書をローカルに使い倒す2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090314.html#p01 ライフサイエンス辞書(WebLSD)は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスです。文章などを書いていて、生命科学分野の専門用語にからっきし弱いパソコンのかな漢字変換システムにイライラを覚えたことのある方は多いのではないのでしょうか？前回紹介したLSDプロジェクトで制作されている各種辞書はオンラインでの提供だけではなく、自分のパソコンにダウンロード・インストールして使える辞書も提供されています。今回は、Windows XP/Vista 用かな漢字変換辞書を自分のパソコンに導入して、快適な生命科学用語変換ライフを送る方法について紹介します。
【統合TV】統計解析ソフト「R」の使い方 〜導入編〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090313.html#p01 Rは、フリーウェアでオープンソースのデータ解析環境です。Rはデータの操作や計算、可視化のためのソフトが統合されたもので、それらのサンプルデータが豊富に用意されていることやそれらを対話的に実行できることが特徴です。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットホームで動作します。近年、生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』が立ち上がり、多くの関連パッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。今回はその導入編として、RとBioConductorのインストール方法について紹介しています。
Biomartを使い倒す～遺伝子の上流配列を取得する～2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090327.html#p01 biomartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。今回は、Ensemblのbiomartを用いて、全ての遺伝子の転写開始点から上流の配列1kbをマウスゲノムから抽出してFASTA形式で得る方法について説明しています。
データ共有が変える日本の生命科学
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090330.html#p01 2009年3月28日に日本農芸化学会2009年度大会（於：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡）にて行われましたランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」を三部作でお送りします。第一弾の今回は、川本祥子 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授による「データ共有が変える日本の生命科学」です。