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今日から使える！情報検索 lifesciencedb.jp
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090331.html#p01 2009年3月28日に日本農芸化学会2009年度大会（於：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡）にて行われましたランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」から、河野信 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員による「今日から使える！情報検索 lifesciencedb.jp」です。
オープン科学に望まれる制度とは？
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090401.html#p012009年3月28日に日本農芸化学会2009年度大会（於：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡）にて行われましたランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」から、大久保公策 国立遺伝学研究所・ライフサイエンス統合データベースセンター 教授による「オープン科学に望まれる制度とは？」をお送りします
【統合TV】GOLD -Genomes Online Databaseを使い倒す 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090403.html#p01 GOLDデータベースはゲノム塩基配列解読プロジェクトを集めたデータベースです。既に解読が終了したゲノムプロジェクトや、現在進行中のゲノムプロジェクトについて調べることができます。塩基配列や、発表された論文、解析を実施している機関などへのリンクがあります。
【統合TV】ArrayExpressを使い倒す 1
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090408.html#p01 ArrayExpressはEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回は、まずArrayExpressの検索インターフェースを使って、自分の興味のあるマイクロアレイ実験データセットにたどり着く方法およびその生データのダウンロード方法について説明しています。
【統合TV】Reactomeを使い倒す〜1・基本編〜
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090424.html#p01 Reactomeは、ヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイだけでなく、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。今回は、Reactomeの基本的な使い方を紹介しています。
魔リオのmj4 evo サンマ 神球戦
いよいよ明日は幻球バトルですね。球戦はプラマイ０で入選を目標に頑張ります。ブログはこちら http://keiboruno.blog.ocn.ne.jp/blog/ スクリーンセーバーはこちら http://www.vector.co.jp/soft/win95/amuse/se227393.html mj4龍になる日を夢見て mylist/10178955 mj4長く険しいdragon road その１ mylist/12119425 mj4長く険しいdragon road その２ mylist/12401428 mj4神々への反逆 mylist/12596725
【統合TV】ArrayExpressを使い倒す 2
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090417.html#p01 今回は、Atlas of Gene Expressionを使って、様々な実験条件における興味のある遺伝子の発現状況の高低を、グラフや色の濃淡で表示することにより、分かりやすく閲覧できる方法を紹介しています。例として、筋分化決定因子である"myogenic differentiation 1(myod)"の遺伝子発現状況を検索しました。
Human Protein Atlasを使い倒す 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090501.html#p01 Human Protein Atlas(ヒューマンプロテインアトラスと読みます)は、スウェーデンの研究グループが提供しているヒトのタンパク質発現情報データベースです。さまざまなヒトの組織やガン細胞、細胞株におけるタンパク質の発現情報および局在を、特異的抗体を用いて得られた免疫組織化学染色写真をもとに調べることができます。2009年5月1日現在では6,103個の抗体および5,683,196枚の染色写真が閲覧可能です。また、蛍光抗体法による染色写真も充実しています。
Reactomeを使い倒す～2・Reactomeへのマッピング～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090508.html#p01 Reactomeは、ヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイだけでなく、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。今回は、発現データなどの網羅的なデータから関連するパスウェイを抽出するSkyPainterというツールを紹介します。
ATTED-IIを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090522.html#p01 ATTED-IIは、シロイヌナズナの遺伝子発現データを用いて、その機能や共発現遺伝子などを調べることができるデータベースです。今回の統合TVでは、ATTED-IIの検索機能の一つであるGene Tableを使って興味のある遺伝子の、機能や細胞内局在予測部位を調べる方法を紹介しています
生命科学系データベースカタログを使い倒す 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090523.html#p01 生命科学系データベースカタログは、 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する「データベースのデータベース」です。データベースが数多く存在する昨今、データベースをうまく使いこなすことが研究の進展を左右するといっても過言ではありません。しかし実際の利用者からは「必要なデータベースが見つからない」「何のデータベースがあるのか分からない」という声をよく聞きます。生命科学系データベースカタログでは、国内外のデータベースを目的や対象、生物種、提供機関別に分類し、それらの説明が日本語で書かれているのが特徴です。また個々のデータベースについて利用者がコメントをつけることもできます。
Reactomeを使い倒す～3･PathFinder～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090529.html#p01 Reactomeは、ヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイだけでなく、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。今回は、２つの化合物間の最短距パスウェイを知ることができる“PathFinder”というツールを紹介します。
統合ホームページへようこそ 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090530.html#p01 統合ホームページは文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。今回の番組では、統合ホームページを使いこなす上で知っておくと便利な特徴や小技などを初めての人でも分かるように紹介しています。
生命科学 学協会 カタログを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090612.html#p01 DBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生命科学 学協会 カタログがあります。ここでは、生命科学に関連した様々な学協会を検索し、簡単にそのカタログやホームページを閲覧することが出来ます。
GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090613.html#p01 GenePaintは、ドイツのマックス・プランク研究所が公開しているマウスの発生過程における遺伝子発現の局在をin situ hybridization（ISH）により調べた組織切片画像のデータベースです。登録されている切片画像はズームイン可能で、遺伝子によっては各部位における発現状況がランク付けされています。また、ある部位で特に強く発現している遺伝子や特徴的なパターンで発現している遺伝子のなどの条件で検索結果の絞込みを行うことも可能です。
BLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090619.html#p01 BLAT（The BLAST-like Alignment Tool)は米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)にて開発された高速なアラインメントツールで、主に質問配列がゲノム配列中のどの部分にヒットするか（ゲノムランディング(genome landing)といいます）探索するのに用いられています。ここではヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、BLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す方法を紹介します。ちなみに今回紹介するのに使っているURL http://genome.brc.mcw.edu/cgi-bin/hgBlat はUCSC Genome Browserのミラーサイトの一つで Medical College of Wisconsin, Milwaukee, WIのURLで、本家は http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat になります。
PubMedの検索結果を定点観測する その1
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090620.html#p01 PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。PubMedで自分の興味あるキーワード等を検索し、関係のありそうな論文の情報収集を日々行っているという人も多いと思います。ここではPubmedの検索結果のRSSフィードを取得し、新着情報のみをすばやく、効率的に得る方法について説明します。
Entrez SNP を使い倒す（前編）PubMed/OMIMへの扉をひらく
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090622.html#p01 Entrez SNP(dbSNP)は、１～数塩基の置換、挿入/欠失や反復等の多型情報からなるデータベースです。前編となる今回は、基本的な検索例とPubMed・OMIMとの連携にスポットを当ててご紹介します。生物医学文献データベースであるPubMedと、ヒトの遺伝性疾患データベースであるOMIMはともにNCBIにより管理されているEntrezデータベース群の一部であり、一部の文献情報や疾患・疾患関連遺伝子の情報はEntrez SNPの多型データからリンクされています。
Entrezを使って配列を検索する ~ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を得る~
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090624.html#p01 Entrezは、NCBIで提供されているさまざまなデータベースを横断的に検索するための検索エンジンです。ここでは、ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を取得する方法を通じて、Entrezの使い方の一例を示します。
PubMedの検索結果を定点観測する その2
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090627.html#p01 PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。2009年6月20日放送の「PubMedの検索結果を定点観測する その1」の続編として、webブラウザ Firefoxを使った場合のRSSフィードの取得・購読の仕方について説明しています。
Entrez SNP を使い倒す（後編）下戸遺伝子の多型をさぐる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090630.html#p01 今回は下戸遺伝子(Asian Blush)として知られるALDH2の点突然変異を例に、Entrez SNP(dbSNP)の使い方をご紹介します。
Allen Brain Atlasを使い倒す～応用編～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090719.html#p01 The Allen Mouse Brain Atlasとは米国シアトルのAllen脳科学研究所が提供する、マウス脳を網羅する21000個以上の遺伝子発現を詳細に示した三次元マップを構築するためのデータベースです。マウス脳を数十万個の切片にし、in situ hybridizationを行い、すべての遺伝子の発現パターンを細胞レベルまで示しています。今回は三次元マップを構築する方法と、一度に複数のデータを見る方法を紹介します。
Trace Archiveを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090717.html#p01 Trace Archiveは大規模配列決定プロジェクトに由来する DNA sequence chromatogram (trace), 塩基判定 (base call), 品質評価 (quality estimate)のアーカイブです。これにより、まだゲノム配列の決まっていないような生物種の断片的な配列を検索することができます。今回の統合ＴＶでは、例としてヒトの熱ショック転写因子を問い合わせ配列として、ブタ(Sus scrofa)の配列検索を行う方法を紹介しています。
鎌状赤血球症を引き起こす変異ヒトヘモグロビンをJmolで確認する
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090721.html#p01 鎌状赤血球症（Sickle-cell disease）は、赤血球の形状が鎌状になって酸素運搬機能が低下することにより発生する、遺伝性の貧血症です。以前の統合TV 「HapMapを使い倒す 鎌状赤血球のSNPをさぐる」では、HapMapの使い方を解説する例として、鎌状赤血球症を引き起こすSNP(Single Nucleotide Polymorphism)の位置を特定しました。今回は、SNPによるアミノ酸の違いを確認します。PDBに登録された正常型、変異型双方のタンパク質構造を比較し、変異したアミノ酸をJmolを用いて実際に確認します。
5月24日 中野ＴＲＦ ストリートファイターⅣ中級者大会part.2
毎週月曜日の夜7時30分より開催の、ストリートファイターⅣ中級者大会。（mylist/15650516）
中野TRFのツイッターを作りました。良かったらご利用下さい。http://twitter.com/nakano_trf
中野TRFスト4ブログhttp://trfst4.blog11.fc2.com/
イベントの日程を詳しく知りたい方はイベントページへ⇒http://www.trftrf.com/event.html ☆野試合もライブ配信中！⇒http://www.stickam.jp/profile/momisage
【RACE07】ニコ生シリーズ戦7 R1：ブラジル【GTREvo】
Porsche Carrera Cup Scandinavia ニコ生シリーズ戦7 5月27日開催分リプレイ(2倍速)
クリチバ
マルチ未経験者歓迎、スポット参戦有り、途中参加有り
鯖オープン21時頃～
P:45分(45分間練習)
Q:15分
W:5分～
R:10分ｘ2h（10分レースを2回）
※スタート方式：RACE1 ローリング RACE2 スタンディング
詳細は↓コミュでご覧下さい。
RACE07シリーズ戦マルチ.コミュ co84790
第1回 WTCC mylist/15950371
第2回 F3000 mylist/16143805
第3回 MX-5 mylist/16906827
第4回 MINI mylist/17445789
第5回 Lotus mylist/17928829
第6回 CATERHAM mylist/18694416
第7回 Porsche mylist/19211403
各リザルト→ http://nicorta.web.fc2.com/result.html
次回 sm10926137
右脳キッズシリーズをiPadで使ってみた
右脳キッズシリーズはiPadでも使えます。お子様におススメのアプリです。画面右下に表示される「2倍」を押すとフルスクリーンで楽しめます。App storeで『IE Institute Co., Ltd』で検索してください。IEまででリストが出てくるのでそのリストから選んでください。判断力トレ 右脳キッズhttp://www.iek.jp/products/2010/05/211225.html飛び交う数字が何かを判断し入力していきましょう。素早く正確に数字を判断し、入力していくことがポイントです。短い時間で楽しく脳力を鍛えることができます。 関連製品一覧 http://iek.jp/products/media/iphone/
魔リオのmj4 evo 幻球バトル ２戦目 神球戦
またまた神球戦です。ブログはこちら http://keiboruno.blog.ocn.ne.jp/blog/ スクリーンセーバーはこちら http://www.vector.co.jp/soft/win95/amuse/se227393.html mj4龍になる日を夢見て mylist/10178955 mj4長く険しいdragon road その１ mylist/12119425 mj4長く険しいdragon road その２ mylist/12401428 mj4神々への反逆 mylist/12596725
魔リオのmj4 evo 幻球バトル 第３戦 神球戦
またまた神球戦です。ブログはこちら http://keiboruno.blog.ocn.ne.jp/blog/ スクリーンセーバーはこちら http://www.vector.co.jp/soft/win95/amuse/se227393.html mj4龍になる日を夢見て mylist/10178955 mj4長く険しいdragon road その１ mylist/12119425 mj4長く険しいdragon road その２ mylist/12401428 mj4神々への反逆 mylist/12596725
魔リオのmj4 evo 幻球バトル 第４戦 前編
ここで勝って入選を決めたいことろです。ブログはこちら http://keiboruno.blog.ocn.ne.jp/blog/ スクリーンセーバーはこちら http://www.vector.co.jp/soft/win95/amuse/se227393.html mj4龍になる日を夢見て mylist/10178955 mj4長く険しいdragon road その１ mylist/12119425 mj4長く険しいdragon road その２ mylist/12401428 mj4神々への反逆 mylist/12596725