アップテストです。ePSXeで640x480で動かしたものをアマレココでキャプチャし、AviUtlで512x384に縮小してエンコードしてみました。縮小せず640x480でエンコードしたもの( sm10666960 )と比べて画質はアップしているようには見えません。640x480のまま大丈夫そうです。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm10667405