エンジン不調の修理でECUを交換したのでテストがてら富士山へ行ってきました。12/14追記:購入元である別のYSPに尋ねたところ、最近のヤマハのFI車では仕様らしいです。同調の調整なんかで若干は良くなるそうですが、症状は消えないそうです。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm15606006