ニコニコの新仕様について簡単に調べたところ、以前は条件を満たせば再エンコされなかったのが必ず再エンコされるようになったらしいです。だったらビットレートを高くして劣化を抑えればいいじゃない!という考えが主流みたいですね。その1: sm30007233 その2: sm30007490 その3:ここ
http://www.nicovideo.jp/watch/sm30007548