ある日、図書館で受験勉強中の新介の前に突然あらわれた少女が、一匹のチョウを手渡して消た。「もしかして、今のこの風景、この瞬間は、永遠にここにあり続けるのかもしれない」そんな考えにとらわれた青春時代を懐かしく思い出す新介を、時空を異にした別世界から見守る男女がいた。“純粋時間”の海を航行するトボットに搭乗し“敵”と戦いを続けるシンとマヤ。時間に干渉し、人類の進化を阻んできた強大な存在に歪められた歴史を取りもどす戦をしている。夢と狂気の狭間に立つ科学者たちの苦悩、そして時の彼方で繰り広げられる凄絶なバトルを描くSF冒険活劇。