科学忍者隊はソーラーシフト計画を成功の一歩手前で阻止し、総裁Xの野望を打ち砕いた。ソーラーシフト計画で荒れ果てた地球は徐々にではあるが復興を始めていた。その一方で、ドクター・ラッフェルを失い、彼の手によりサイボーグとして生まれ変わったジョーに内蔵されたブラックボックスの解析とエネルギー補給の目処は進まず、日を追う毎に死が近づいていく。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm45707104