正宗(貴水博之)は「仮面ライダークロニクル」をリセット。時間を巻き戻し、ハイパームテキガシャットができる前の状態にまで時を戻してしまう。ハイパームテキなしでクロノスに勝つには、ゲムデウスウイルスの力を持つグラファイト(町井祥真)の力を借りるしかない。永夢(飯島寛騎)とパラド(甲斐翔真)、ポッピーピポパポ(松田るか)はグラファイトに共闘を呼びかけるが…。一方で飛彩(瀬戸利樹)、大我(松本享恭)はグラファイトと決着をつけるべく戦いを挑む。その戦いの行く末にあるのは、ラスボス・ゲムデウスの降臨…!?前回:第40話 運命のreboot!