オレンジはヨウ素分子の生成、黒紫色はヨウ素-デンプン反応による発色で、反応が終わるまで2つの色が繰り返し現れ点滅します。この反応はBriggs-Raucher反応と呼ばれるもので、有名なBelousov-Zhabotinsky反応(B-Z反応)と類似の「振動反応」の一種です。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm3767331