前半はいろんな主題が出てくるフーガで、後半はエンハーモニック進行を含むホモフォニックな部分です。前半をピタゴラス音律で、後半を5限界純正調で出力しました。ひとつの曲を全く違う音律体系で分断していいのかと思うかもしれませんが、前半は主に黒鍵側を、後半は白鍵側を使うのであまり問題ありません。
http://www.nicovideo.jp/watch/sm40474089