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UCSC Genome Browserの使い方 ～表示編
高画質版はこちら UCSC Genome Browserの使い方 ～表示編 UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は以前番組で紹介した、UCSC Genome Browserを使った興味のある遺伝子の検索、結果の表示までの基本編に続いて、得られた表示結果の見方、使い方などを詳しく説明しています。
UCSC Genome Browserの使い方 ～基本編
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/movie/091113ucscBase_f.htmlUCSC Genome Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。UCSC Genome Browserの他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツールBLATや遺伝子間の関連性を探索するGene Sorterなどがあります。今回は、UCSC Genome Browserを使って、興味のある遺伝子を検索し、結果を表示するまでの基本的な使い方を説明しています。
UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索する
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091105.html#p01 UCSC Gene Sorterは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツールBLATなどがあります。UCSC Gene Sorterは、興味のある遺伝子周辺もしくは遺伝子同士の関連性を、UCSC Genome Browserが持つさまざまなデータを文字通り「ソート」することによって容易に探索することができるツールです。関連性のある遺伝子をリストアップした後、それらの遺伝子に関するIDや配列をまとめて取得することができます。今回は、脂肪細胞のマーカーとして用いられることの多いFABP4(Fatty Acid Binding Protein 4)を例にして使い方を説明しています。
BLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090619.html#p01 BLAT（The BLAST-like Alignment Tool)は米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)にて開発された高速なアラインメントツールで、主に質問配列がゲノム配列中のどの部分にヒットするか（ゲノムランディング(genome landing)といいます）探索するのに用いられています。ここではヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、BLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す方法を紹介します。ちなみに今回紹介するのに使っているURL http://genome.brc.mcw.edu/cgi-bin/hgBlat はUCSC Genome Browserのミラーサイトの一つで Medical College of Wisconsin, Milwaukee, WIのURLで、本家は http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat になります。
【統合TV】NCBI GEOの使い方4 データセットブラウザをさらに使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090307.html#p01 NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ)のデータベースです。今回はGEOの使い方第4弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットを解析するツールの使い方をさらに詳しく紹介しています
NCBI Taxonomy Browserを使って、生物分類と配列情報を関連させて調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090226.html#p01 Taxonomy Browserは生物分類に基づいて整理されたデータベースのブラウザです。様々な生物種の系統（lineage）が階層的に表示され、各々の階層における類縁の生物を調べることができます。また、それぞれの生物種におけるEntrez中の配列や論文などの情報を簡単に得ることができます。今回は、A型インフルエンザウイルス"H1N2"について検索してみました。
NCBI GEOの使い方３ データセットブラウザを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090221.html#p01 NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ)のデータベースです。今回はGEOの使い方第3弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットにおける様々な遺伝子発現を詳細に調べる方法を紹介しています。
NCBI Taxonomy Browserを使って、生物分類と配列情報を関連させて調べる
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090226.html#p01 Taxonomy Browserは生物分類に基づいて整理されたデータベースのブラウザです。様々な生物種の系統（lineage）が階層的に表示され、各々の階層における類縁の生物を調べることができます。また、それぞれの生物種におけるEntrez中の配列や論文などの情報を簡単に得ることができます。今回は、A型インフルエンザウイルス"H1N2"について検索してみました。
24歳でニートの渋谷のキングのショボしょぼ猥褻ラップ仲間
自分でキングと名乗って(恥晒)毎日一人PC前で屁理屈しゃべってインターネットで犯罪やりまくっている中卒で24歳の男とラップでアドリブ対決しようとする subuyaイエローバスターズ仲間の自称ラッパー男。 Browser Crasher
24歳でニートの渋谷のキングの年上の子分の違法ゲーマー
自分でキングと名乗って(恥晒)毎日一人PC前で屁理屈しゃべってインターネットで犯罪やりまくっている中卒で24歳の男にインターネットで違法に落とした 大量の任天堂ゲーム機のゲームソフトをコピー送信して渡した犯罪者。 年下の中卒のただのニートにタメ口をきかれるただのフリーター。 Browser Crasher
UCSC VisiGeneの使い方
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100416.html#p01 UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。UCSC Genome Browserのコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツール BLATや遺伝子間の関連性を探索するGene Sorterなどがありますが、今回はin situハイブリダイゼーション (ISH)の画像データを検索・閲覧できるVisiGeneについて紹介します。UCSC VisiGeneを使うことで、生体内におけるmRNAの局在を画像で閲覧することができ、またそれに関する論文などの詳細情報も得ることができます。
Bad Apple!! DHTML
★超·超低画質 ★sm8628149 =HugFlash> PNG(512x384) =(C#)> PNG(53x40) =(C#)> .lst ★.lst + .html(w/ JavaScript) =(Web Browser + Expression Encoder)> この動画 ★BGM=sm4170234
BPMを利用した音MADの作り方
※それなりにREAPERを使えるのが前提です。このあたりの動画に詳しく載ってます⇒sm4218677、sm8991361
見づらくて申し訳ないです。
SONIC BROWSER⇒※入手できなくなってしまったようです
BPM Analyzer(アドレスなどは捨てアドで大丈夫です)⇒http://www.mixmeister.com/bpmanalyzer/bpmanalyzer.asp
BPM Counter⇒http://tixlab.com/software/bpm_counter.shtml
もし需要があればVSTの音MADへの利用なども解説しようかと思います。NiVEのエフェクト解説などもあげました⇒sm9149242、sm9373160
今回説明したこと（音MADwiki）⇒http://www10.atwiki.jp/onseimad/pages/240.html
曲データ集(音MADwiki)⇒http://www10.atwiki.jp/onseimad/pages/19.html
【追記】Aの鬼はCでクリアできるようになりました（←どうでもいい）
【ibisBrowserDX WM版】 無線LANでYahooにアクセス
●こちらの動画を見て「Opera Mobile 9.5 vs Safari」sm3808705撮ってみました。最初にキャッシュを削除してます。使用機種はWILLCOMのアドエス(WS011SH)。javascriptに非対応ですが動作が軽快です。それが動画で判れば目的は達成です。30日間無料お試しできますよ。 ●撮影機材はまさかのSANYO DSC MZ1。。新品電池を使っても速攻で電池が切れる古いデジカメなので詳細な動画は撮れず挫折しました。各携帯端末のフルブラウザ集mylist/7434427 【参考】http://www.ibis.ne.jp/publicity/press20071120Browser.html
熱海海上花火大会 (2008/04/19) その２
熱海海上花火大会。春開催のせいか、結構空いてました。夏以降も開催されますよーhttp://www.city.atami.shizuoka.jp/icity/browser?ActionCode=content&ContentID=1119837532080&SiteID=0000000000000その１はこちら：http://www.nicovideo.jp/watch/sm3053774
熱海海上花火大会 (2008/04/19) その１
熱海海上花火大会。春開催のせいか、結構空いてました。夏以降も開催されますよーhttp://www.city.atami.shizuoka.jp/icity/browser?ActionCode=content&ContentID=1119837532080&SiteID=0000000000000その２はこちら：http://www.nicovideo.jp/watch/sm3053997
ssb (server side browser) - ドワンゴ 溝口浩二
2007年9月17日に開催された第２回モバイル勉強会にてライトニングトークス。ドワンゴで利用してる携帯サイトをPCで見るためのwebアプリ、ssb (server side browser)について。
ssbは2007/11/21にオープンソースとして公開しています。ダウンロードなど、詳細はこちら
http://coderepos.org/share/wiki/ssb
モバイル勉強会についてはこちら
http://ideaup.seesaa.net/article/55861161.html
技術講演をニコニコでみようキャンペーン実施中です。
http://coji.s9.xrea.com/article.php?id=49