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EMBOSS sixpackを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090821.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、sixpackについて紹介しています。sixpackを使うと、入力した塩基配列をアミノ酸配列に翻訳することができます。sixpackの場合、６つの読み枠を一度に表示することができます。最も終止コドンの出現が少ない翻訳パターンを探すことで正しいアミノ酸配列と塩基配列のコドン位置を推測できます。今回はサンプル配列としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をアミノ酸配列に翻訳する場合を例に説明しています。
Spotfireを用いた比較トランスクリプトミクス
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090822.html#p01 今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。マイクロアレイ上に載っている遺伝子群（プローブセット）を異なる生物種間（今回はヒトとマウス）で対応付けを行い、同じ臓器での発現パターンを比較解析する例を紹介します。マイクロアレイIDの対応付けはEnsemblのBioMartで容易に取得することができます。今回例として用いたデータは、BioGPSで閲覧できるヒト・マウスの各組織・細胞株のマイクロアレイデータです。
QUMAを使い倒す～2、統計解析モード～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/movie/090829QUMA2_m.html QUMA(くま)：QUantification tool for Methylation Analysis とは、熊木 勇一 氏と岡野 正樹 氏(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 哺乳類エピジェネティクス研究チーム)によって開発された、バイサルファイト配列の解析ツールです。Bisulfite sequencing法はDNAメチル化の解析に広く用いられている方法ですが、得られた配列の処理と解析は大変困難であり、非常に手間のかかる作業です。このQUMAは技術の成熟度に関係なく、条件が同じなら誰が行っても、たった数秒で同じ結果が得られるという、大変便利で簡単なツールです。QUMAには2通りの使い方があり、用途に合わせて使い分けることが出来ます。今回は統計解析モードについて紹介します。
EMBOSS mergerを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090904.html#p01今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、mergerについて紹介しています。mergerを使うと、入力した２つの塩基配列をアラインメントすることができます。mergerの場合、オプションとしてギャップ開始ペナルティとギャップ伸長ペナルティの値を自由に設定することができます。
Spotfireを用いたSNP解析における頻度差の可視化
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090905.html#p01 今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたSNP解析の一事例を紹介します。複数の集団でタイピングされたSNP(1塩基多型)の多型頻度差をお互いに関連付けて、多型頻度の集団による違いをプロットによって視覚化する例を紹介します。SNPのデータはHapMapプロジェクトが提供するHapMartから、容易に取得することができます。今回例として用いたデータは、HapMartで得られるJapanese、Yoruba、Han ChineseのSNPデータです。
EMBOSS dottupを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090918.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、dottupについて紹介しています。dottupを使うと、2配列間の一致した部分をドットでグラフ上に表現することで、塩基配列の相同性を直感的に確認することができます。
EMBOSS needleを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090924.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、needleについて紹介しています。needleを使うと、Needleman-Wunsch global algorithm を用いた２配列間のアラインメントを行うことができます。
Allieを使って略語の正式名称を検索する2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090925.htmlAllie（「アリー」と発音します）は、 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する医学生物系論文書誌情報データベースMEDLINEを対象とし、出現する略語（略字）とその正式名称のペアを検索するシステムです。生命科学系の論文では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をMEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた論文の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている論文中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。
DNAデータベース総覧と検索を使い倒す2009～基本編
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091022.html DNAデータベース総覧と検索は、文部科学省統合データベースプロジェクトにおいて開発、維持されている、巨大な国際DNAバンク(INSD(International Nucleotide Sequence Database)と呼ばれるDDBJ/EMBL/GenBankのことです)を高速に検索し生物種、分子、プロジェクト別に分類して表示するシステムです。ある研究機関から発表されたある生物のゲノムデータを一括してダウンロードするというような研究単位でのデータ取得ができます。BLASTによる配列検索、核酸関連の特許公報へのダイレクトリンク、レコードの時系列展開も可能です。今回はその使い方の基本編を紹介しています。
NEXTBIOを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091029.html#p01 NEXTBIOは、米国NEXTBIO社の検索システムで、膨大な数のあらゆるライフサイエンスに関する情報を、自分の目的に応じて複合的に検索できるシステムです。NEXTBIOでは1つのキーワードから、文献・詳細な研究内容・遺伝子発現情報・疾患・化合物・臨床試験など、関連する様々な情報が一度に検索できます。また研究者自身の持つデータをデータベースに登録することも可能です。
EMBOSS emmaを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091030.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、emmaについて紹介しています。emmaは複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。
DNAデータベース総覧と検索を使い倒す～配列検索編
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091031.html#p01 DNAデータベース総覧と検索は、文部科学省統合データベースプロジェクトにおいて開発、維持されている、巨大な国際DNAバンク(INSD(International Nucleotide Sequence Database)と呼ばれるDDBJ/EMBL/GenBankのことです)を高速に検索し生物種、分子、プロジェクト別に分類して表示するシステムです。ある研究機関から発表されたある生物のゲノムデータを一括してダウンロードするというような研究単位でのデータ取得ができます。BLASTによる配列検索、核酸関連の特許公報へのダイレクトリンク、レコードの時系列展開も可能です。今回はその使い方の配列検索編で、ブタの脂肪代謝遺伝子(PPARG)の配列検索を例にとって紹介しています。
UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索する
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091105.html#p01 UCSC Gene Sorterは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツールBLATなどがあります。UCSC Gene Sorterは、興味のある遺伝子周辺もしくは遺伝子同士の関連性を、UCSC Genome Browserが持つさまざまなデータを文字通り「ソート」することによって容易に探索することができるツールです。関連性のある遺伝子をリストアップした後、それらの遺伝子に関するIDや配列をまとめて取得することができます。今回は、脂肪細胞のマーカーとして用いられることの多いFABP4(Fatty Acid Binding Protein 4)を例にして使い方を説明しています。
EMBOSS waterを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091106.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、waterについて紹介しています。waterを使うと、Smith-Waterman法 を用いた２配列間のアラインメントを行うことができます。
EMBOSS wordmatcherを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091112.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、wordmatcherについて紹介しています。wordmatcherを使うと2配列間で同一（完全一致）部分を見つけることができます。
第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー ～はじめに～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091114.html#p01 本日の統合TVは、2009年10月31日にアスティ徳島にて開催された 第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」から、ライフサイエンス統合データベースセンター センター長 高木利久 による開催趣旨・背景説明をお送りします。約5分です。
第47回日本生物物理学会年会ランチョンセミナー～多様なデータが広く…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091116.html#p01 本日の統合TVは、2009年10月31日にアスティ徳島にて開催された 第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 畠中秀樹 特任准教授 による「多様なデータが広く活用されるために」をお送りします。生命科学系データベースアーカイブサービス、ならびに現在開発中のタンパク質IDによるデータベースの横断検索（名称未定）の紹介です。約22分です。
統合データベース講習会：AJACSりんくう～生物アイコン～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091117.html#p01 本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坂東明日佳 による「生物アイコン～生物種画像レポジトリサイトの紹介～」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースセンターで提供している生物アイコンの利用法や使用例の紹介、アイコン配布に利用しているクリエイティブコモンズライセンスについてわかりやすく説明されています。センターでは生物アイコン作成に利用するために、皆様がお持ちの生き物の写真を募集しております。ぜひ、皆さんのご協力をお願いします！約19分です。
統合データベース講習会：AJACSりんくう～FANTOM4プロジェクトに見る…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091119.html#p01 本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、理化学研究所 オミックス基盤研究領域 川路英哉 先生 による招待講演「FANTOM4プロジェクトに見る次世代シーケンサの可能性とデータベース」をお送りします。理化学研究所オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアム、FANTOM4 (Functional Annotation of the Mammalian Genome)プロジェクトの紹介と、FANTOM4でメインに使われた次世代シーケンサについて、その可能性についてご紹介いただきました。また、大量のデータを扱う上でのデータベースのあり方についても紹介いただきました。約30分です。
統合データベース講習会：AJACSりんくう～DNAデータベースの使い方～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091120.html#p01 本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 小笠原理 先生 による「DNAデータベースの使い方（DNAデータバンクには何が入っているか）」をお送りします。実際にDDBJ (DNA Data Bank of Japan) でDNAデータバンク事業に関わっていらっしゃる先生に、データベースの見方、検索のコツを講演していただきました。さらに、データバンクのデータを再整理してライフサイエンス統合データベースプロジェクトからサービスしている、DNAデータベース総覧と検索についても紹介していただきました。約30分です。
二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKの使い方
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091214.html#p01 『KNApSAcK』とは、生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に開発・公開されている二次代謝産物データベースシステムです。KNApSAcKでは分子式、分子量、生物種名や実験により得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等を行うことができます。
inMeXesを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091216.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供する、文献中の英語表現を軽快に検索するサービスinMeXesを紹介します。PubMed/MEDLINEに含まれる書誌情報のタイトルやアブストラクトに10回以上出現する2語以上から成る英語表現を入力のたびごとに即座に候補を検索します。結果はPubMed/MEDLINE中での出現頻度と共に表示され、ある動詞の後に続く適切な前置詞を検索したり、ある単語の前後にどういう語がくることが多いかなどを検索することができます。
UCSC Genome Browserの使い方 ～配列取得編
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091217.html#p01 UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は以前番組で紹介した、UCSC Genome Browserを使った興味のある遺伝子の検索、結果の表示までの基本編、得られた表示結果の見方、使い方までの表示編に続いて、検索した遺伝子の詳細情報と、その配列の様々な取得方法について詳しく説明しています。
EMBOSS showalignを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091120.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、showalignについて紹介しています。showalignを使うとマルチプルアラインメントを見やすく装飾して表示することができます。
分子生物学会ワークショップ～はじめに～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091220.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 中村保一 教授によるワークショップ開催の趣旨説明をお送りします。約5分です。
統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い分子生物…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091221.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 による「統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い分子生物学を目指して」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースプロジェクトが目指すもの、また現在鋭意開発中の次世代シーケンサーを使った発現情報の統合化システム togoexp について紹介されています。約26分です。
かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091222.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター／かずさDNA研究所 岡本忍 による「かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験」をお送りします。
ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091223.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、日本大学大学院 生物資源科学研究科 小野浩雅 による「ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス」をお送りします。ウエット研究者が情報技術を駆使して実験結果を解析した実例が紹介されています。また、解析に使われたツールについての紹介や、データを使う側／提供する側双方に必要な心構えについて、ご自身の経験を基にお話いただきました。約16分です。
TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091226.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、首都大学東京大学院 理工学研究科 生命科学専攻 鐘ヶ江健 先生による「TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースプロジェクトで提供している、誰でも簡単にデータベースを構築できるサービス「TogoDB」を使って、シダESTのデータベースを構築した実例をお話いただきました。TogoDBを使ったデータベース構築の手順や、実際に構築したデータベース「AcEST」の機能について紹介されています。約14分です。
実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会：統合データ…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091227.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 高祖歩美 による「実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会：統合データベースプロジェクトのユーザ評価」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースセンターの広報が行っている活動や、毎年実施している統合データベースプロジェクトのユーザ評価について、その実施方法と結果、結果を受けてのサービス改善の具体例、課題について紹介されています。約15分です。
医学研究におけるプライヴァシーデータの共有を進めるために
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091230.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、神戸学院大学 法学部 佐藤雄一郎 准教授 による「医学研究におけるプライヴァシーデータの共有を進めるために」をお送りします。
ライフサイエンス統合データベースセンターでの取り組み
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20100101.html#p01 2010年最初の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、ライフサイエンス統合データベースセンター センター長 高木利久 による「ライフサイエンス統合データベースセンターでの取り組み」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの目指すもの、またデータ共有・統合化にまつわる問題と、その解決に向けた統合データベースセンターの取り組みや役割について紹介されています。約5分です。