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「ワンダーラジオ」 第６回
二次元エンタメラジオ「ワンラジ」第６回配信です。メールフォーム、特設ページはこちらっ→ http://mataasita111.web.fc2.com/radio.html いつも聴いてくださっている方、本当にありがとうございます。 第７回→sm10955219
EMBOSS prettyseqを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090724.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、prettyseqについて紹介しています。prettyseqを使うと、入力した塩基配列をアミノ酸配列に翻訳することができます。今回はサンプル配列としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をアミノ酸配列に翻訳する場合を例に説明しています。
The Arabidopsis Information Resource (TAIR)を使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090807.html#p01 The Arabidopsis Information Resource (TAIR) とは、カーネギー財団の植物生物学研究部門と米国国立ゲノムリソースセンターとの共同プロジェクトとして、Arabidopsis thaliana(シロイヌナズナ)の総合的なゲノム情報を提供しているデータベースです。TAIRでは、全塩基配列が決定したゲノム情報をはじめ、幅広い情報が提供されています。GOコンソーシアムの一員としてGene Ontology(GO)の構築と発展に大きく寄与しており、植物ゲノム研究の中心として位置づけることができる優れたデータベースです。
Spotfireを用いたマイクロアレイデータのGene Ontologyによるアノテーション
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090808.html#p01今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。概要としては、公共マイクロアレイデータベースから取得したマイクロアレイデータに対し、各プローブに GO Term を対応付け、異なる条件下で発現が変わる遺伝子群の生物学的な意味を考察できるよう可視化する、という流れです。今回例として用いたデータは、ヒトの脂肪細胞分化のマイクロアレイデータ(GSE1657)を一部改変したサンプルデータを用いています。
Spotfireを用いたマイクロアレイデータのゲノム上の位置情報による統合と
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090809.html#p01 今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。概要としては、究極の物理地図であるゲノム配列(golden pathと呼ばれる)を元にして、ゲノム上での各遺伝子の位置情報をマイクロアレイデータと関連付けた後、トレリス(trellis)の機能を使って染色体ごとに分け、ゲノム上の位置の順番に並べて発現比のヒートマップ表示を行う、という流れです。今回例として用いたデータは、BioGPSで閲覧できるマウスの各組織・細胞株のマイクロアレイデータ(GSE10246)です。
EMBOSS sixpackを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090821.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、sixpackについて紹介しています。sixpackを使うと、入力した塩基配列をアミノ酸配列に翻訳することができます。sixpackの場合、６つの読み枠を一度に表示することができます。最も終止コドンの出現が少ない翻訳パターンを探すことで正しいアミノ酸配列と塩基配列のコドン位置を推測できます。今回はサンプル配列としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をアミノ酸配列に翻訳する場合を例に説明しています。
Spotfireを用いた比較トランスクリプトミクス
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090822.html#p01 今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。マイクロアレイ上に載っている遺伝子群（プローブセット）を異なる生物種間（今回はヒトとマウス）で対応付けを行い、同じ臓器での発現パターンを比較解析する例を紹介します。マイクロアレイIDの対応付けはEnsemblのBioMartで容易に取得することができます。今回例として用いたデータは、BioGPSで閲覧できるヒト・マウスの各組織・細胞株のマイクロアレイデータです。
EMBOSS needleを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20090924.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、needleについて紹介しています。needleを使うと、Needleman-Wunsch global algorithm を用いた２配列間のアラインメントを行うことができます。
生命科学データベース横断検索を使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091008.html#p01 DBCLSが統合ホームページで提供している横断検索では、従来の基本的な分子生物学系データベースに加えて、特許のデータベースや「蛋白質 核酸酵素」の過去記事(1985年～2005年)も検索対象となっており、一度にこれらすべてのデータベースに検索がかかるようになっています。今回の統合ＴＶでは、横断検索の基本的な使い方および注意点について説明します。
統合TVの使い方 2009
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091016.html#p01 統合TVのコンテンツ数は放送開始から２年を経て200を超えました。コンテンツ数の増加とともに自分が使いたいデータベースやツールが見つかりにくくなってきたかもしれません。そこで今回の番組では、統合TV内での番組検索の仕方を中心に統合TV自体の使い方を紹介します。
DNAデータベース総覧と検索を使い倒す2009～基本編
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091022.html DNAデータベース総覧と検索は、文部科学省統合データベースプロジェクトにおいて開発、維持されている、巨大な国際DNAバンク(INSD(International Nucleotide Sequence Database)と呼ばれるDDBJ/EMBL/GenBankのことです)を高速に検索し生物種、分子、プロジェクト別に分類して表示するシステムです。ある研究機関から発表されたある生物のゲノムデータを一括してダウンロードするというような研究単位でのデータ取得ができます。BLASTによる配列検索、核酸関連の特許公報へのダイレクトリンク、レコードの時系列展開も可能です。今回はその使い方の基本編を紹介しています。
NEXTBIOを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091029.html#p01 NEXTBIOは、米国NEXTBIO社の検索システムで、膨大な数のあらゆるライフサイエンスに関する情報を、自分の目的に応じて複合的に検索できるシステムです。NEXTBIOでは1つのキーワードから、文献・詳細な研究内容・遺伝子発現情報・疾患・化合物・臨床試験など、関連する様々な情報が一度に検索できます。また研究者自身の持つデータをデータベースに登録することも可能です。
第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー ～はじめに～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091114.html#p01 本日の統合TVは、2009年10月31日にアスティ徳島にて開催された 第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」から、ライフサイエンス統合データベースセンター センター長 高木利久 による開催趣旨・背景説明をお送りします。約5分です。
第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー ～統合DBプロジェクト…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091115.html#p01 本日の統合TVは、2009年10月31日にアスティ徳島にて開催された 第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 川本祥子 特任准教授 による「統合DBプロジェクトのサービス紹介～データベースを役立てよう～」をお送りします。プロジェクトの概要、提供しているサービス（データベースカタログ、横断検索、inMeXes、統合TV）の紹介です。約32分です。
第47回日本生物物理学会年会ランチョンセミナー～多様なデータが広く…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091116.html#p01 本日の統合TVは、2009年10月31日にアスティ徳島にて開催された 第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 畠中秀樹 特任准教授 による「多様なデータが広く活用されるために」をお送りします。生命科学系データベースアーカイブサービス、ならびに現在開発中のタンパク質IDによるデータベースの横断検索（名称未定）の紹介です。約22分です。
統合データベース講習会：AJACSりんくう～生物アイコン～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091117.html#p01 本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坂東明日佳 による「生物アイコン～生物種画像レポジトリサイトの紹介～」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースセンターで提供している生物アイコンの利用法や使用例の紹介、アイコン配布に利用しているクリエイティブコモンズライセンスについてわかりやすく説明されています。センターでは生物アイコン作成に利用するために、皆様がお持ちの生き物の写真を募集しております。ぜひ、皆さんのご協力をお願いします！約19分です。
統合データベース講習会：AJACSりんくう～FANTOM4プロジェクトに見る…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091119.html#p01 本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、理化学研究所 オミックス基盤研究領域 川路英哉 先生 による招待講演「FANTOM4プロジェクトに見る次世代シーケンサの可能性とデータベース」をお送りします。理化学研究所オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアム、FANTOM4 (Functional Annotation of the Mammalian Genome)プロジェクトの紹介と、FANTOM4でメインに使われた次世代シーケンサについて、その可能性についてご紹介いただきました。また、大量のデータを扱う上でのデータベースのあり方についても紹介いただきました。約30分です。
統合データベース講習会：AJACSりんくう～DNAデータベースの使い方～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091120.html#p01 本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 小笠原理 先生 による「DNAデータベースの使い方（DNAデータバンクには何が入っているか）」をお送りします。実際にDDBJ (DNA Data Bank of Japan) でDNAデータバンク事業に関わっていらっしゃる先生に、データベースの見方、検索のコツを講演していただきました。さらに、データバンクのデータを再整理してライフサイエンス統合データベースプロジェクトからサービスしている、DNAデータベース総覧と検索についても紹介していただきました。約30分です。
二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKの使い方
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091214.html#p01 『KNApSAcK』とは、生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に開発・公開されている二次代謝産物データベースシステムです。KNApSAcKでは分子式、分子量、生物種名や実験により得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等を行うことができます。
inMeXesを使い倒す
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091216.html#p01 今回の統合TVでは、DBCLSが提供する、文献中の英語表現を軽快に検索するサービスinMeXesを紹介します。PubMed/MEDLINEに含まれる書誌情報のタイトルやアブストラクトに10回以上出現する2語以上から成る英語表現を入力のたびごとに即座に候補を検索します。結果はPubMed/MEDLINE中での出現頻度と共に表示され、ある動詞の後に続く適切な前置詞を検索したり、ある単語の前後にどういう語がくることが多いかなどを検索することができます。
UCSC Genome Browserの使い方 ～配列取得編
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091217.html#p01 UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は以前番組で紹介した、UCSC Genome Browserを使った興味のある遺伝子の検索、結果の表示までの基本編、得られた表示結果の見方、使い方までの表示編に続いて、検索した遺伝子の詳細情報と、その配列の様々な取得方法について詳しく説明しています。
統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い分子生物…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091221.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 による「統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い分子生物学を目指して」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースプロジェクトが目指すもの、また現在鋭意開発中の次世代シーケンサーを使った発現情報の統合化システム togoexp について紹介されています。約26分です。
かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091222.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター／かずさDNA研究所 岡本忍 による「かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験」をお送りします。
ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091223.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、日本大学大学院 生物資源科学研究科 小野浩雅 による「ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス」をお送りします。ウエット研究者が情報技術を駆使して実験結果を解析した実例が紹介されています。また、解析に使われたツールについての紹介や、データを使う側／提供する側双方に必要な心構えについて、ご自身の経験を基にお話いただきました。約16分です。
TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091226.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、首都大学東京大学院 理工学研究科 生命科学専攻 鐘ヶ江健 先生による「TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースプロジェクトで提供している、誰でも簡単にデータベースを構築できるサービス「TogoDB」を使って、シダESTのデータベースを構築した実例をお話いただきました。TogoDBを使ったデータベース構築の手順や、実際に構築したデータベース「AcEST」の機能について紹介されています。約14分です。
実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会：統合データ…
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091227.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 高祖歩美 による「実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会：統合データベースプロジェクトのユーザ評価」をお送りします。ライフサイエンス統合データベースセンターの広報が行っている活動や、毎年実施している統合データベースプロジェクトのユーザ評価について、その実施方法と結果、結果を受けてのサービス改善の具体例、課題について紹介されています。約15分です。
なぜ今共有なのか？個人プレーから社会プレーへ
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091228.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター センター長 大久保公策 による「なぜ今共有なのか？個人プレーから社会プレーへ」をお送りします。フォーラムの趣旨説明、時代に合わせてどのように制度を変えていくべきかについての問題提起をされています。約9分です。
分子生物学会フォーラム～データ秘匿は知財立国を助けるのか？～
高画質版はこちら http://togotv.dbcls.jp/20091229.html#p01 本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、末吉総合法律事務所（現 潮見坂綜合法律事務所） 末吉亙 弁護士 による「データ秘匿は知財立国を助けるのか？」をお送りします。
2010年5月29日練習走行2 チームメイトによる追い上げ練習
ＨＰ http://motor.geocities.jp/hiroton99_99_99/kart-challenge.htmlブログ http://blogs.yahoo.co.jp/hiroton99_99_99
ACPP 三鷹大会 南研・中原 武蔵（ゼ＄ス） vs 単装砲Ｋ（こぷ）
2010/5/29 に三鷹で行われたアーマードコア・プロジェクトファンタズマの大会「みゆき先輩の季節外れのバレンタイン」の模様です（録画したのは一部の試合のみ）
レギュレーションは→http://armoredashida.hp.infoseek.co.jp/menu.html
南武線研究会・中原 武蔵（ゼ＄ス） vs 単装砲Ｋ（こぷ） ２本目
ACPP三鷹大会マイリスト → mylist/19336733
■アセンブル制限
「WA-Finger（通称『指』）の装備禁止」
「WA-RFM１１８（通称『緑ライフル』）と２脚全般の併用禁止」
「M118－TD（通称『追加弾倉』と通常腕の併用禁止」
ACPP 三鷹大会 みゆき（芦田） vs 南武線研究会・新城 武蔵（そうき）
2010/5/29 に三鷹で行われたアーマードコア・プロジェクトファンタズマの大会「みゆき先輩の季節外れのバレンタイン」の模様です（録画したのは一部の試合のみ）
レギュレーションは→http://armoredashida.hp.infoseek.co.jp/menu.html
みゆき（芦田） vs 南武線研究会・新城 武蔵（そうき） １本目
ACPP三鷹大会マイリスト → mylist/19336733
■アセンブル制限
「WA-Finger（通称『指』）の装備禁止」
「WA-RFM１１８（通称『緑ライフル』）と２脚全般の併用禁止」
「M118－TD（通称『追加弾倉』と通常腕の併用禁止」
ACPP 三鷹大会 りずむ vs 南武線研究会・新城 武蔵（そうき）
2010/5/29 に三鷹で行われたアーマードコア・プロジェクトファンタズマの大会「みゆき先輩の季節外れのバレンタイン」の模様です（録画したのは一部の試合のみ）
レギュレーションは→http://armoredashida.hp.infoseek.co.jp/menu.html
りずむ vs 南武線研究会・新城 武蔵（そうき） ２本目
ACPP三鷹大会マイリスト → mylist/19336733
■アセンブル制限
「WA-Finger（通称『指』）の装備禁止」
「WA-RFM１１８（通称『緑ライフル』）と２脚全般の併用禁止」
「M118－TD（通称『追加弾倉』と通常腕の併用禁止」